La mayoría de los estrabismos en la infancia se producen por alteraciones en los músculos oculares o en la coordinación de dichos músculos.
Otra causa frecuente de estrabismo en la infancia es la menor agudeza visual de uno de los dos ojos. Cuando un ojo no ve, o ve peor comparado con el otro, se desarrolla un ojo vago; los ojos vagos tienen tendencia a desviarse y padecer estrabismo. La causa más frecuente de ojo vago es la existencia de diferente graduación entre los dos ojos, de manera que el ojo con mas graduación ve peor y se hace vago.
Aparte de los problemas de graduación existen otras causas, mucho menos frecuentes pero más graves, de ojo vago: catarata congénita, lesiones en la córnea, párpado superior caído, tumores intraoculares, enfermedades retinianas,… Por ello, cualquier niño con estrabismo debe acudir al oftalmólogo para realizarle una exploración ocular completa.
Existe una predisposición familiar a padecer estrabismo, de tal manera que si algún familiar, sobre todo de primer orden, tiene estrabismo, el niño tendrá más riesgo de padecerlo.